An der Kantonsschule Alpenquai Luzern sind 24 Fachschaften und zwei Fachgruppen vertreten. Jede Fachschaft bzw. Fachgruppe wird von einer oder zwei Lehrpersonen geleitet.
Vier Mal im Jahr treffen sich die Fachschaftsleitungen zusammen mit der Schulleitung, um aktuelle Themen der Schule zu besprechen (Schulforum).